1946년 5월 1일 許逵, 李炳學, 朴鎭泳, 奇龍肅 등이 서울의대 미생물학교실에 모여 초대회장에 許逵, 부회장에 李炳學 등 임원을 선출함으로써 발족하게 되었다.

조선의학협회 재발족 총회에 許逵 회장과 李炳學 부회장이 대의원으로 참석하였다. 정부가 수립된 직후인 1948년 11월 16일 서울의대에서 열린 총회에서 학회 명칭을「대한미생물학회」로 개칭했다.

1969년 2월 20일 캐나다 오타와에 있는 국제미생물학회(IAMS, 현재 명칭은 International Union of Microbiological Societies, IUMS)에 가입을 신청, 동년 6월 24일 프랑스 파리에서 개최된 국제미생물학회 집행위원에서 만장일치로 정식 가입되었으며, 다음해인 70년 8월 9일부터 15일까지 멕시코시에서 열린 국제미생물학회에 柳駿, 朴承咸 등이 참석, 국제 간의 학술교류의 발판을 마련한 바 있으며 현재까지 IUMS의 각 Division별로 개최되는 국제학회 때마다 다수 회원이 참가하고 있으며, 국내유관학회들과 National Committee(초대회장 趙敏基)를 구성하여 1999년 IUMS Joint Congress의 서울 유치를 신청한 바도 있다.

1947년 11월 서울의대에서 제1차 대회를 개최한 이래 매년 정기적으로 열어오던 학술대회는 67년부터 봄/가을로 나누어 실시하고 있으며 (6.25동란기인 50년과 51년은 제외) 1997년부터는 춘계학술대회를 기초의학 종합학술대회와 공동으로, 2001년도부터 추계학술대회는 한국미생물연합 국제학술대회로 개최하고 있다.

일본과의 학술교류를 위하여 1991년부터 일본세균학회와 공동으로 정기 한일국제미생물학심포지움을 개최하기로 협의하여 1991년 10월 제1회 한일국제미생물학회가 서울63빌딩 Convention Center에서의 개최를 시작으로 제10회 한일국제미생물학회가 2010년 3월에 일본 요코하마에서 개최되었다.

학술지 「대한미생물학회지」는 57년 6월 창간되었다가 재정난으로 발행이 중단되는 어려움을 겪기도 했으나, 61년 10월 제2권 1호로 복간되었다. 매년 1회씩 펴내 오던 학술지 「대한미생물학회지」는 회원의 증가와 연구활동이 활발하여 연구논문수가 불어남에 따라 85년에는 연2회, 86년부터 88년까지는 연4회, 89년부터는 격월로 연6회 발간하게 되었다. 1997년말에 닥친 IMF여파로 학술연구비의 감소와 지원체계의 변화가 들이 닥쳐 회원들의 연구활동이 급격히 줄어들게 되었다. 이와 더불어 국제화의 여파로 국내학술지 게제기피 현상까지 겹쳐 학술지에 투고하는 논문이 급격히 감소하게 되어 기존의 체제로 학술지의 발행이 어렵게 되었다. 이를 타개하기 위하여 대한바이러스 학회와 협의하여 양학회의 학술지를 통합하여 공동학술지를 발행하기로 협의하고 대한미생물학회 및 대한바이러스학회 공동 학술지인 Journal of Bacteriology and Virology를 2001년부터 연4회 발간하고 있다.

본 학회에서는 오랫동안 현안이었던 우리 글로 된 의학미생물학교과서 출판을 실현하기 위하여 1986년에 교과서출판 편집위원회를 구성하였으며, 교육을 담당하고 있는 많은 미생물학 교수들의 참여로 1991년 7월 “의학미생물학” 교과서를 출간하였고 2009년 6판이 출간되어 전국 의과대학의 미생물 교과서로 사용하고 있다.

의학미생물학실습서는 1978년 제1판이 발간되어 전국 의과대학의 의학미생물학 실습교재로 지대한 학습효과를 거두어 온 바 있으며, 지속적으로 이루어지고 있는 미생물학분야의 기술발전에 부응하기 위해 현재 2005년에 제5판까지 발행된 상태이다. 또한 2008년에는 Kuby 면역학 및 간호미생물학을 발간하기도 하였다.

본 학회는 보다 나은 발전을 위해 2008 년 9 월에 사단법인 등록을 하였다.

사단법인 대한미생물학회장 김 원 용